La partie du cerveau la plus endommagée est un groupe de cellules à la base de celui-ci nommé ganglion de la base. L’atrophie est particulièrement marquée au niveau du striatum (noyau caudé et putamen).
Ces structures sont plus petites chez la personne atteinte. Ceci s’explique par le fait que les cellules du striatum sont les premières à être détruites dans la progression de la MH.
Le striatum est lié au lobe frontal. Ensemble, ils sont responsables des fonctions les plus complexes : planification des buts, planification des mouvements, attention et concentration, élaboration de stratégie, jugement et prise de décision, motivation.
La mort de cellules nerveuses du striatum entraîne des troubles au niveau de toutes ces tâches car sa première fonction est de réguler et organiser les informations transmises au lobe frontal. Les tâches réalisées par celui-ci sont perturbées (priorisation, contrôle des impulsions, initiatives….). Nous parlons alors de symptômes pseudo-frontaux. La MH progressant, d’autres structures du cerveau dont le cortex frontal sont atteintes.